以三年，务底成绩，事毕则还。直到正德年间，因河患频繁影响漕运，总理河道一职才逐渐变为定职。但总河一职固定后，与总漕在管辖范围和权限上出现了交叉，为河漕交恶埋下祸端。

此事的关键节点就在嘉靖二十年，黄河、 运河交汇的徐州洪、吕梁洪浅阻，影响漕运以致京师粮运不通，而总督漕运官却将责任全部推给总理河道官，致使总河以下全都受到处罚，以此为导火索，总河与总漕彻底决裂，势如水火。

后来嘉靖圣裁之后，令总督漕运兼管河道，也就是总督河漕，这也很多官员不同意分设的原因，他们担心一旦分设河道和漕运，就会重蹈嘉靖二十年的覆辙。

最近不少官员的奏疏都这么人为的，他们认为：总河总漕分而为二，竟以漕为米不知为河矣，而且彼此水火，漕法始乱。

朱载坖到不这么认为，总督河漕事务实在是过于繁杂，朱载坖觉得恐怕没有什么官吏能够做到同时兼顾漕运和河道，运河自淮安抵通州，黄河流经河南、山东、直隶诸省，总督河漕根本不可能有这个精力同时处理河道和漕运，往往只能偏重其一，而在大明现在的情况下，肯定是偏向于漕运，这就导致河道天然的不受重视。

所以朱载坖认为，只有专设总督河道，才能够专心治河，黄河安宁，运河才能通畅。

朱载坖的密疏到了嘉靖的案头之后，嘉靖仔细看过后对黄锦说道：“既然裕王推荐这个潘季驯，那就让他当这个巡河御史，火速赴河南查看河道，务必尽快恢复漕运。”

嘉靖也很清楚，眼下关于总督河道和漕运这两个要职，一时半会恐怕朝廷还不能马上决断下来，朱载坖既然推荐了这个潘季驯，何妨一试呢？毕竟朱载坖之前推荐的戚继光等人确实得力。

然后嘉靖接着吩咐黄锦道：去告诉裕王，丘富一案，为何还未审明查实？吕弼等要犯何日能够成擒？能不能实心用事？